中国人民解放军第二军医大学创建于1949年9月，时称“华东军区人民医学院”。1950年改称上海军医大学。1951年7月正式定名为第二军医大学。目前，学校是国家“211工程”、军队“2110工程”和总后“530工程”重点建设院校，军队研究生培养重点建设院校、国家生命科学与技术人才培养基地、外军医学留学生培养基地。校机关设“四部二院”，下辖“一部八系”、3个师级学员管理单位、3所附属医院、1个国家肝癌科学中心和5个干休所，现已成为我军面向东南沿海的重要卫勤力量。
学校的主要培训层次有研究生教育、本科生教育、任职教育和留学生教育等。开设临床医学、海军临床医学、药学、公共卫生事业管理、护理学等13个专业。校党委始终坚持教学工作的中心地位不动摇、教学改革的核心地位不动摇、教学基本建设的优先地位不动摇，稳步推进教学改革，狠抓教学质量建设，形成国家精品课程4门、军队优质课程4门、国家教学团队和精品课程数量稳居全军医科院校之首，连续11年入选16篇“全国百篇优秀博士学位论文”，位列全国医科院校第一。
学校实施了“1272”重点学科建设工程，“十一五”重点学科建设工程，大力推进学科建设。现有国家重点学科一级学科2个（基础医学、药学），二、三级学科26个，军队“2110工程”重点建设学科3个（后方专业勤务、军事航海医学和军事预防与防护医学（含军事药学）），总后“530工程”重点建设学科5个（野战护理学、卫生勤务、热带医学、军事药学和中医中药野战应用），上海市重点学科7个。现有69个博士点和92个硕士点。
学校积极推进科研管理体制改革和机制创新，加强重大、重点项目的研究和联合攻关，着力活跃学术氛围，促进了科研规模、水平、效益的持续发展。近三年，先后承担国家“863”、“973”等重点项目140多项，各类课题3200余项，经费总额13.9亿元。学校先后获得国家最高科学技术奖1项，国家科技进步一等奖2项、国家自然科学二等奖4项，国家科技进步创新团队奖1项，国家技术发明二等奖5项，国家科技进步二等奖32项，省部级二等奖以上成果600余项。
学校目前附属长海医院、长征医院和东方肝胆外科医院三所三级甲等医院整体建设水平在军内外处于领先地位，目前，共展开床位3792张，年门急诊量达490多万人次。在医疗特色上，肝胆外科、胸心外科、烧伤外科、骨科、神经外科、泌尿外科等传统特色更加鲜明，并在肝脏、肾脏等器官移植术，前列腺疾病微创治疗术，以及胰腺疾病、血管病、血液病、真菌病诊治技术等方面形成新的特色。目前，三所附属医院共有26个全军医学研究所（专病中心），6个上海市“重中之重”临床医学中心。三所医院均为三级甲等医院，连续5年在上海市医疗“万人问卷调查”中并列榜首，长海医院“掌上长海”就诊模式备受称赞，长征医院医务社工服务广受好评，东方肝胆外科医院“院所合一”，经验推广全军。
