云南省中医医院的前身是始建于1947年的云南大学医学院附设医院分院，经云南省人民政府批准于1955年正式改建为云南省中医医院，迄今已有63年的建院历史，是全国建设历史较长的省级中医医院之一，为大型综合性三级甲等中医医院，2007年被云南省卫生厅授予“云南省中医名院”称号。
经过63年的发展，医院现在已成为人才荟萃，技术力量雄厚，科室齐全，设备先进，并形成院有专科、科有专病、病有专药、中医特色突出的大型综合性三级甲等中医医院，2007年被评为云南省中医名院。年门诊量65万人次，年出院患者1.5万人次。医院现有病床 560张，有29个临床、医技科室，14个临床教研室及一个占地4000多平方米、能生产20多种剂型80多个品种的现代化的中药制剂中心；有国家级重点专科3个、国家级重点学科3个、云南省中医名科8个、云南省重点专科（专病）25个；同时也是国家药物临床试验机构及国家中药现代化科技产业（云南）基地中药新药GCP中心、国家中医药国际合作基地、国家中医药管理局慢性前列腺炎补肾通利重点研究研究室、国家中西医结合传染病临床（云南）基地建设单位、国家中西医结合急诊临床（云南）基地建设单位，有中医内科学、针灸学2个省级重点学科，有中医内科研究中心、中西医结合男科研究中心2个省级研究中心、中医风湿病、中医脑病2个省级研究室， 有8个硕士研究生学位授予点。具有独立申报国家自然科学基金项目资格，主持有国家“863”计划重大科技专项、国家自然科学基金、国家科技支撑计划、国家科技攻关计划、云南省科技计划、云南省自然科学基金等科研项目，具有开展中医临床研究工作的技术条件。现有各类专业技术人员986人，其中高级专业技术职称人员147人；有国家级和省级名中医22人；有MR、全身螺旋CT、大型数字X线机、彩超、全自动生化分析仪等医疗设备，医疗设备总值6500万元，医院固定资产总值2亿。医院还是云南中医学院的临床医学院，承担硕士研究生、本科生、专科生、成人教育等不同层次的教学工作；医院同时还是国家批准的接收外籍学员，开展中医非学历教育的进修学习单位，2008年，医院被国家中医药管理局评定为中医药国际合作基地。医院在市区内还设有8个专科和专家门诊部，开展相应的社区医疗服务。
医院同时还是集云南省90家州（市）、县（区）中医院为一体的“云南省中医医疗集团”的总医院；在风光秀丽的滇池度假区开设有云南省中医医院滇池度假区医院；新选址扩建的滇池院区一期1200张病床项目即将启动。
近年来医院先后被全国妇联、全国总工会、云南省妇联、共青团云南省委授予“全国妇联先进集体”、“抗震救灾工人先锋号”、“云南省巾帼文明岗”、“云南省青年文明号”等称号，2009年11月，医院秦国政院长被授予中国医师最高奖——“第六届中国医师奖”。
医院同时也是云南省和昆明市城镇职工和城镇居民医疗保险的定点医疗机构和医疗保险定点转诊的医疗机构，是云南省新农合定点医疗机构，医院已经开通云南省内异地医疗保险持卡就医系统。
特色优势病种：
风湿病、类风湿性关节炎、痛风性关节炎、骨关节炎、系统性红斑狼疮、慢性阻塞性肺病、高血压病、冠心病、糖尿病、甲状腺疾病、高脂血症、慢性肾功能衰竭、肾病综合征、糖尿病肾病、尿路感染、尿路结石、中风病、头痛、失眠、眩晕、痴呆、乳腺病、不孕不育、老年前列腺增生症、慢性前列腺炎、男性不育、眼底血症、肿瘤、颈椎病、腰椎间盘突出症、骶髂关节损伤、退行性腰椎滑脱症、粘连期肩周炎、膝骨性关节病、髋关节疾病、变应性鼻炎、银屑病。
