中国科学院微生物研究所（以下简称微生物所）成立于1958年12月3日，其前身是中国科学院应用真菌研究所和中国科学院北京微生物研究室，目前已发展成为一个具有雄厚基础、强大实力和广泛影响的综合性微生物学研究和微生物技术研发机构。
研究所坚持“微生物、高科技、大产业”的战略定位，面向世界科技前沿，面向国家重大需求，面向国民经济主战场，围绕“生命与健康”和“资源生态环境”创新领域，以微生物资源、微生物技术、病原微生物与免疫为主要研究领域，在研究微生物生物多样性、基本生命特征和生态功能的基础上，努力创建从微生物资源开发、功能改造和利用、生物技术创新到成果转化的自主研发体系，以服务国民经济主战场，服务国家重大需求，创建世界一流的微生物学研究中心和微生物技术研发基地。
微生物所党委坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想和党的十九大精神为指引，以“三个面向四个率先”为发展方略，以“不忘初心 牢记使命”主题教育常态化为工作抓手，在“创新为民 科技报国”实践中提高政治站位，勇于担当，锐意改革，充分发挥了微生物所党委的战斗堡垒作用。2019年6月，党委顺利完成换届，新一届党委重视加强政治建设，统一思想，凝心聚力，聚焦战略定位，强化方向引领，在党建促进科研发展上取得了显著成效。2019年，党建工作处正式成立，党建队伍风貌焕然一新。
微生物所设有微生物资源前期开发国家重点实验室、真菌学国家重点实验室、中国科学院微生物生理与代谢工程重点实验室、植物基因组学国家重点实验室（与中国科学院遗传与发育生物学研究所共建）、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室五个重点实验室，另设有技术转移转化中心、微生物资源与大数据中心。同时有依托微生物所建设中国科学院—发展中国家科学院生物技术卓越中心、中国科学院—发展中国家科学院新发突发传染病研究与交流卓越中心和中国科学院流感研究与预警中心。微生物所拥有亚洲最大的馆藏54万余号标本的菌物标本馆、国内最大的保藏量7万余株菌的中国普通微生物菌种保藏管理中心、数据资源总量超过300TB的国家微生物科学数据中心，是我国微生物资源与数据的核心支撑力量。研究所建有所级公共技术服务中心、生物安全三级实验室、SPF动物房等技术支撑平台，拥有一个藏书（刊）5万余册的专业性图书馆。
2019年，微生物所大力推进落实“一三五”规划，积极承担国家和院重大科技任务，促进重大成果产出，同时积极推动创新研究院规划的落实。研究所在H5N6、H7N9等流感病毒、埃博拉病毒、寨卡病毒、基孔肯雅热、B族肠道病毒、非洲猪瘟病毒、裂谷热病毒等多个方面获得了重要研究进展，成功研发流感病毒多价疫苗、中东呼吸综合征（MERS-CoV）广谱中和抗体、寨卡病毒疫苗，开发重组干扰素抗病毒生物制品。同时，对我国和世界禽流感防控提出专家建议并被采纳。研究所在动、植物病毒入侵与寄主互作机制、效应性Treg细胞分化、生物光伏系统的创建、酿酒酵母进化与分化过程、聚酮类药物产量提升、羟基酪醇生物合成与厌氧菌中次级代谢产物的挖掘等领域做出了重要原创性成果。全年共发表SCI论文388篇，其中发表在PNAS、Nature Communications, Nature Biotechnology等期刊以上的论文共63篇；申请专利90项，授权97项。
2019年，研究所签订各项院地企项目170项，500万元以上的重大科技成果6项。“青藏高原经济真菌资源研究与评价利用”获西藏自治区科学技术一等奖； “马铃薯化肥农业增效技术研发、产业化与精准扶贫团队”获得2019年度中国科学院科技促进发展奖。创新生物法生产长链二元酸新技术通过宁夏新日恒力公司实施，建成全球最大的年产5万吨生产线，将于2020年试投产。攻克以赖氨酸为原料生产新型尼龙单体戊二胺的关键核心技术，建立了千吨级戊二胺/尼龙56盐生产线并已量产。
微生物所积极响应“一带一路”倡议，与乌兹别克斯坦科学院微生物研究所签署共建“微生物资源与生物技术联合实验室”合作备忘录，推进了“中泰微生物技术联合实验室”建设；申请加入了中国科学院中亚药物研发中心理事单位；积极参与“一带一路”国际科学组织联盟（ANSO）建设；与东京大学医学研究所签署了新一轮的合作备忘录，继续建设中日联合实验室并承办了中日免疫学学术论坛。
截至2019年底，微生物所共有在职职工487人。其中科技人员335人、科技支撑人员97人，研究员及正高级工程技术人员77人、副研究员及高级工程技术人员152人。共有国家“万人计划”创新领军人才入选者1人；国家百千万领军工程入选者新增1人；国家政府特殊津贴新增1人；国家杰出青年科学基金获得者13人（新增1人）；国家优秀青年科学基金获得者12人（新增3人）；中国科学院“青年创新促进会”入选者30人（新增3人），优秀会员5人（新增2人）。
微生物所是1981年国务院学位委员会批准的博士学位授予权单位之一，现设有生物学和基础医学两个一级学科，包括微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学、病原生物学和免疫学五个二级学科专业博士、硕士学位研究生培养点；设有生物工程领域专业硕士学位研究生培养点；同时设有生物学和基础医学一级学科下微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学、病原生物学和免疫学五个二级学科专业博士后流动站；共有在学研究生544人（其中硕士生230人、博士生314人）、在站博士后65人。
目前挂靠微生物所的学术组织有中国微生物学会、中国菌物学会、中国生物工程学会3个国家级学会，微生物所与相关学会共同主持编辑出版的学术刊物有《微生物学报》、《微生物学通报》、《菌物学报》、《生物工程学报》及英文刊物MYCOLOGY。
