1999年5月28日，经市委、市政府研究决定，撤销地铁筹建处，建立南京市地下铁道工程建设指挥部，为正局级事业单位。南京市地下铁道总公司与其合署，一个机构、两块牌子（宁编字[1999]13号）。指挥部主要负责承办南京市地铁工程的规划、设计、筹资、建设、运营及与地铁相关的物业开发等。
南京市地下铁道工程筹建处撤销，建立南京市地下铁道工程建设指挥部，南京市地下铁道总公司与其合署，主要负责承办南京市地铁工程的规划、设计、筹资、建设、运营及与地铁相关的物业开发等。
“南京地铁南北线一期工程正式立项”以3536票名列市委市政府评选的“99年南京经济社会发展十件大事”之首
